TRAMA: L'atteso seguito di Mobile Suit Gundam SEED. Due anni dopo la conclusione della guerra tra la Federazione e Plant,una nuova minaccia getta la sua ombra sulla fragile pace appena firmata sui resti di Jachin Due.Un commando di terroristi si infiltra nella base di Zaft per rubare tre nuovi prototipi di Mobile Suit proprio mentre il presidente di Zaft,Ghilbert Dullindal,è impegnato in una riunione con il delegato di Orb,Cagalli Yula Athha. Subito l'esercito di Zaft schiera il suo giovane e formidabile pilota Shinn Asuka che affronta i tre infiltrati a bordo delnuovissimo Impulse Gundam. Suo malgrado si vedrà coinvolto nello scontro anche la guardia del corpo del delegato Athha,il misterioso Alex Dino, che altri non è che Athrun Zala,figlio del precedente presidente di Zaft,Patrick Zala,ed eroe della guerra appena conclusasi. Lo scontro è feroce e può significare solo l'inizio di una nuova guerra...